好氧處理法在污水處理中發揮著很重要的作用，這種方法能夠解決大多數污水處理問題。在制藥廢水的處理中一般常用的好氧生物法有：深井曝氣法、普通活性污泥法、加壓生化法、生物接觸氧化法、生物流化床法以及序批式間歇活性污泥法等。目前來說，處理抗生素廢水比較成熟的方法主要就是活性污泥法。由于加強了對污水的預處理，改進了曝氣方法，使裝置運行穩定，到二十世紀七十年代已經成為一些工業發達國家的制藥廠普遍采用的方法。但是普通活性污泥法的缺點是廢水需要大量稀釋，運行中泡沫多，易發生污泥膨脹，剩余污泥量大，去除率不高，常必須采用二級或多級處理。因此近年來，改進曝氣方法和微生物固定技術以提高廢水的處理效果已成為活性污泥法研究和發展的重要內容。加壓生化法相對于普通活性污泥法提高了溶解氧的濃度，供氧充足，既有利于加速生物降解，又有利于提高生物耐沖擊負荷能力。
深井曝氣法是高速活性污泥系統。和普通活性污泥法相比，深井曝氣法具有以下優點：氧利用率高，相當于普通曝氣的10倍;污泥負荷高，比普通活性污泥法高2.5-4倍;占地面積小、投資少、運轉費用低、效率高、COD的平均去除率可達到70%以上;耐水力和有機負荷沖擊能力強;不存在污泥膨脹問題;保溫效果好。
生物接觸氧化法兼有活性污泥法和生物膜法的特點，具有較高的處理負荷，能夠處理容易引起污泥膨脹的有機廢水。在制藥工業生產廢水的處理中，常常直接采用生物接觸氧化法，或用厭氧消化、酸化作為預處理工序來處理制藥生產廢水。但是用接觸氧化法處理制藥廢水時，如果進水濃度高，池內易出現大量泡沫，運行時應采取防治和應對措施。
生物流化床將普通的活性污泥法和生物濾池法兩者的優點融為一體，因而具有容積負荷高、反應速度快、占地面積小等優點。
直接應用好氧法處理抗生素廢水仍需考慮廢水中殘留的抗生素對好氧菌存在的毒性，所以一般需對廢水進行預處理。
曝氣器也是一種非常好的污水處理工具，好氧法處理抗生素廢水可以考慮使用曝氣器。
